Arı Maya 3, karınca prensesi kurtarmak için zorlu bir mücadeleye girişen Arı Maya ve arkadaşı Willi'nin maceralarını konu ediyor. Arı Maya ve arkadaşı Willi, kendilerine emanet edilen gizemli şeyi korumaya çalışırken, bir anda kendilerini büyük bir böcek savaşının ortasında bulur. Karınca prensesi kurtarmak için karşısına çıkan acımasız düşmanlarla savaşmak zorunda kalan Maya ve Will için bu süreç dostluklarının test edilmesine neden olur.